赣南医科大学第一附属医院耳鼻咽喉科于1979年从原来大五官科中独立出来后，经40余年的发展壮大，顺应国内外发展趋势，于2016年经批准更名为耳鼻咽喉头颈外科。为了做强做精各个专科方向，更好地为人民服务，同年于省内率先在科室内成立亚专业组，发展到今天已有比较完善的四个亚专业组：耳科专业组、鼻科专业组、咽喉专业组和头颈肿瘤外科专业组。经过这几年的快速发展，科室在医疗技术和科研教学等方面取得了很大的进步和耀眼的成绩。2015年科室率先开展了赣州地区首例人工耳蜗植入术，成为省内第三家开展人工耳蜗植入手术的医院。科室在近几年代表医疗服务能力和水平的省卫健委DRGs专科排名中连续排名全省第三，赣州市第一。2021年CMI值为1.2679，位列全省第一。科室在2019年中国耳鼻咽喉头颈外科专科排名进入全国百强（第81位）。科室现为国家耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心网络成员单位、全国耳鼻咽喉头颈外科联盟成员单位和江西省甲状腺外科专科联盟成员单位。