赣南医科大学第一附属医院感染性疾病科依托医院省级重大疫情救治基地，设备、技术力量雄厚，拥有赣州市第一所按照国家2021年版发热门诊设置标准建设的方舱发热门诊（含过渡病房、移动CT、移动核酸检测车、检验室、药房等）。病区设置于省级重大疫情救治基地，开设病床45张，下设肝病防治中心、感染性疾病诊疗中心、发热门诊、肠道门诊。包括细菌、真菌感染综合诊疗亚专科和疑难重症肝病亚专科2个亚专科。诊治范围包括各种原因肝炎（特别是重型肝炎）、肝硬化、肝脏肿瘤、脂肪肝、自身免疫性肝病、以及其他肝病的临床诊治和防治研究工作；各种肝病危急、重症（如消化道大出血、肝性脑病、肝肾综合征等）的抢救；长期不明原因发热、重症感染救治及各种感染性疾病的诊治研究。开展重症感染综合救治、组合型人工肝、肝穿、乙肝病毒变异的基因检测、乙肝/丙肝病毒的基因分型、高灵敏度HBV-DNA定量检测、特殊病原体核酸检测等技术。同时擅长规范化、合理使用抗生素，是医院抗生素合理用药指导委员会成员。同时作为赣南医科大学传染病教研室承担规培生、研究生、本科生、进修生的进修、轮转、见习、实习工作及承担《传染病学》理论授课工作，是国家级住院医师规范化培训基地及感染性疾病科全科医师培训基地。