赣南医科大学第一附属医院普外二科（胃肠外科、肠瘘外科、临床营养科）是国家卫生健康委普通外科内镜医师培训基地、中国医师协会腹腔镜外科医师培训基地、江西省普通外科重点专科、赣州市医学领先学科单位、赣南医科大学高水平学科、中国抗癌协会晚期结直肠癌靶向治疗规范化试点单位、中国NOSES联盟江西分盟副理事长单位、中华结直肠癌MDT联盟副主席单位、中国手术部位感染预防培育基地、华中胃肠腔镜联盟成员、江西省胃肠间质瘤专家协作组成员、赣州市肛肠疾病区域医疗中心成员、赣医一附院优质护理流动红旗点等，也是江西省研究型医院学会第一胃肠外科学分会挂靠单位。目前科室设有胃肠外科专科门诊、肛肠外科专科门诊和胃肠间质瘤专科门诊，住院部有胃肠外科一病区（南楼18楼）和二病区（南楼19楼），共开放病床100张，科室内有全院唯一的腹腔热灌注治疗室；现有医师19人，护士28人，医师中赣南医科大学一附院名医1人（曾祥福）、正高职称（教授、主任医师）4人、副高职称（副教授、副主任医师）8人、博士4人、硕士13人，硕士研究生导师4人，共培养硕士研究生10余名。