赣南医科大学第一附属医院小儿外科成立于2010年11月29日，目前科室已成为集医疗、保健、教学、科研为一体的儿童外科医疗中心，是赣粤闽湘四省通衢区域重要的小儿外科疑难、危急、重症疾病诊疗中心，综合实力和学术影响力位于省内前列。是国家级小儿外科住院医师规范化培训基地，省级小儿外科住院医师规范化培训基地。

科室系中国血管瘤血管畸形联盟常务理事单位、中国妇儿介入联盟常务理事单位、中国抗癌协会儿童肿瘤分会常委单位、中国整形美容协会血管瘤与脉管畸形分会副会长单位、中华医学会小儿外科分会委员单位、中国医师协会新生儿分会委员单位、江西省脉管异常性疾病临床研究中心挂靠单位、江西省医学会小儿外科分会副主委单位、江西省医师协会小儿外科分会副会长单位、江西省研究型医院学会小儿外科分会副主委单位、赣州市医学会小儿外科分会主委单位。是成功完成江西省第一例儿童腹腔镜胆总管囊肿切除手术的单位，而且是目前江西省内拥有并开展儿童机器人手术的唯一临床专科。

科室目前开放病床50张，分设小儿普外科、新生儿外科、血管瘤和血管畸形诊疗中心、小儿肿瘤外科、小儿泌尿外科、小儿胸外科、小儿骨科等七个亚专业。省内率先成立血管瘤和血管畸形专科，已形成集药物治疗、手术切除、美容整形、DSA介入为一体的特色治疗中心。

科室人才结构合理，现有博士生导师1名，硕士生导师2名，博士5人，硕士9人。

科室积极开展新技术，在血管瘤的基础研究、临床诊疗处于全国领先地位。在小儿外科疑难、危急、重症患儿的诊治能力达到省内领先。尤其在小儿外科、新生儿外科疾病的胸腔镜、腹腔镜及机器人微创手术治疗领域达到国内较高水平，在全省率先开展儿童机器人手术：机器人辅助胆总管囊肿切除术+肝总管空肠Roux-Y吻合术、新型肝管空肠袢式吻合手术、机器人辅助下胸腹腔实体肿瘤根治手术、机器人辅助下脾切除术、机器人辅助下泌尿系手术、机器人辅助下巨结肠切除手术、机器人辅助下肛门直肠畸形修复等手术。科室对先天性胆总管囊肿、先天性巨结肠、肛门直肠畸形、门脉高压、腹部外伤、小儿急腹症、腹部肿物、消化道出血、体表肿物、肾母细胞瘤、肝母细胞瘤、神经母细胞瘤、巨脾、肾积水、重复肾、隐匿性阴茎、尿道下裂、腹股沟斜疝、鞘膜积液、隐睾等小儿外科常见疾病有较高的诊疗水平。
    小儿外科连续6年获得江西省脉管异常性疾病临床研究中心项目资助。科室承担国家自然科学基金、教育部、江西省、赣州市各类各级科研项目共30余项，居于省内领先水平。科室依托赣南医科大学、医院科研中心，开展各项研究，共获省部级奖项3项，实用新型专利5项。近5年发表论文20余篇，其中SCI收录4篇。参编《机器人小儿外科手术学》、《小儿外科手术学》、《小儿肿瘤外科疾病诊疗规范》、《儿童实体肿瘤诊疗指南》、《儿童肿瘤防治宣传丛书》、《住院医师规范化培训内镜教材》等多部著作。